После смерти императрицы (17 октября 1740 г.) Иоанн был провозглашен императором, а манифестом от 18 октября регентом до его совершеннолетия был назначен Э.И. Бирон (герцог Курляндский). 8 ноября 1740 г. Бирон был свергнут Минихом и регентство перешло к Анне Леопольдовне. Но уже ночью 25 декабря 1741 г. был совершен государственный переворот, в ходе которого правительница с мужем и детьми (в т.ч. и с императором Иоанном), были арестованы, а Елизавета Петровна (дочь Петра I) провозглашена императрицей.

 

Елизавета намерена была выслать низверженного императора со всей его семьей за границу, но затем переменила свое решение. Она не стала выпускать Иоанна и его родителей, как опасных претендентов на престол, за пределы России.

 

В январе 1744 г. последовал указ о перевозе бывшей правительницы с семьей в г. Раненбург (Рязанской губернии). 27 июня 1744 г. камергеру барону Н.А. Корфу предписано было отвезти семью царственных узников в Соловецкий монастырь, причем Иоанн, как в течение этого путешествия, так и на время пребывания в Соловках, должен был быть совершенно отделен от своей семьи, и никто из посторонних не должен был иметь к нему доступа, кроме только специально приставленного к нему надсмотрщика. Корф довез арестантов только до Холмогор и, представив правительству всю трудность перевоза их на Соловки и содержания там в секрете, убедил оставить их в этом городе. Здесь Иоанн пробыл около 12 лет в полном одиночном заключении; единственным человеком, с которым он мог видеться, был наблюдавший за ним майор Миллер, в свою очередь, почти лишенный возможности сообщения с другими лицами, стерегшими семью бывшего императора. Слухи о пребывании Иоанна в Холмогорах распространялись, и правительство решило принять новые меры предосторожности.

 

В начале 1756 г. сержанту лейб-кампании Савину предписано было тайно вывезти Иоанна из Холмогор и секретно доставить в Шлиссельбург, а полковнику Вындомскому, главному приставу при брауншвейгской семье, дан указ, оставшихся арестантов содержать по-прежнему.

 

В Шлиссельбурге тайна должна была сохраняться не менее строго: сам комендант крепости не должен был знать, кто содержится в ней. Видеть Иоанна могли только три офицера стерегшей его команды. В крепость без указа Тайной Канцелярии нельзя было впустить даже фельдмаршала.

 

С воцарением Петра III положение Иоанна не улучшилось, а скорее еще изменилось к худшему, хотя и были толки о намерении Петра освободить узника.

 

После очередного переворота на престол взошла Екатерина II. По некоторым данным, Бестужевым был составлен план брака ее с Иоанном. Но Екатерина, ездившая к Иоанну, нашла его поврежденным в уме. Сумасшедшим или, по крайней мере, легко теряющим душевное равновесие изображали Иоанна и рапорты приставленных к нему офицеров. Однако Иоанн знал свое происхождение, несмотря на окружавшую его таинственность, и называл себя государем. Вопреки строгому запрещению чему бы то ни было его учить, он от кого-то научился грамоте, и тогда ему разрешено было читать Библию. Не сохранилась и тайна пребывания Иоанна в Шлиссельбурге, и это окончательно погубило его. Стоявший в гарнизоне крепости подпоручик смоленского пехотного полка Василий Яковлевич Мирович вздумал освободить его и провозгласить императором; в ночь с 4 на 5 июля 1764 г. он приступил к исполнению своего замысла и, склонив с помощью подложных манифестов на свою сторону гарнизонных солдат, арестовал коменданта крепости Бередникова и потребовал выдачи Иоанна. Пристава сперва сопротивлялись с помощью своей команды, но, когда Мирович навел на крепость пушку, сдались, но предварительно (следуя инструкции), убив Иоанна. После тщательного следствия, обнаружившего полное отсутствие сообщников у Мировича, последний был казнен.

 

При кратковременном правлении Иоанна III чеканили главным образом рубли и полтины, отдавая предпочтение монетам высокого достоинства, и, желая, чтобы они как можно скорее попали в денежный оборот.

 

Но в отношении образца монет нового государя вопрос не был разрешен: с октября, когда Иоанна возвели на трон, до декабря положение оставалось неясное. И даже потом решили только чеканить рубли, датированные 1740 г., с портретом Анны, до тех пор, пока решится вопрос с моделью монет Иоанна. Главным препятствием был вопрос для граверов: как воспроизвести на монете портрет двухмесячного младенца? Однако разумное решение, воплощенное в красивой и очень редкой неутвержденной модели рубля - воспроизвести на лицевой стороне вензель Императора вместо его портрета - было отвергнуто 2 января 1741 г. Через месяц начали гравировать штемпели для рубля с портретом. Многочисленные документы, так же как и сами монеты, подтверждают, что достигнуть удовлетворительных результатов не удалось. Основная трудность заключалась в том, что портрет был слишком мал. Передать черты младенческого личика граверам не удалось.

 

С портретом маленького Императора было отчеканено 700.000 монет - большинство из них рубли. Главные элементы аверса и реверса были выгравированы ручным способом, и надписи тоже были набиты от руки со многими вариантами пробелов между словами и знаками препинания. Практически все они были созданы на Петербургском монетном дворе.

 

Единственный новодел рубля императора Иоанна III - очень редкая широкая медная монета с гладким гуртом, чеканенная в кольце.

 

Обычный гурт - надпись монетного двора. Редкое исключение - что касается пробных рублей с вензелем - гурт с растительным орнаментом. Около 6.000 готовых монетных кружков с растительным орнаментом на гурте, предназначенных в 1740 г. для чеканки рублей с портретом Анны Леопольдовны ждали своей очереди, когда началась чеканка монет с портретом младенца-Императора. Они были отчеканены штемпелями Иоанна III.

 

Когда к власти пришла Елизавета Петровна, она приложила максимум усилий для того, чтобы ее предшественник ушел в небытие как можно быстрее и как можно глубже. Документы, касающиеся его лично и его царствования, были изъяты и на протяжении нескольких поколений пылились в скрытых хранилищах.